在學習化學上，常會遇到許許多多的結構。如果是簡單的結構，可以簡單的畫出來，但是如果遇到較複雜的結構，或者當結構需要翻轉時，則非常棘手。Avogadro (別懷疑，正是亞佛加厥的英文名 )可以呈現化學結構的立體圖，以利於了解化學結構。
Avogadro
官網：http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
載點：http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro
(2013/11/28/官網掛了，不知何時回復。)
在win 7, avogadro 1.1.0版沒中文版
只有 avogadro-1.0.3 板本可顯示中文版 (win7, 8皆可)
本文以中文版進行示範
1. 將檔案開啟後，先建立基本條件。
(1)工具設定
按下工具設定後會出現左下角的框框，可以選擇元素種類，全部的原子皆有，且以
不同顏色表示。鍵的級數，包含單鍵、雙鍵、三鍵。以及自動加上氫原子，此功能在製 作有機化合物非常好用。
示範：
1.1.1 先在元素種類選需要的原子(本示範以碳為例)，點擊一下，即可出現一顆碳原子。
1.1.2 在鍵的級數選需要的級數 (本示範為單鍵)，點擊後拖曳至另一邊，即可得到。
1.1.3 若想得到雙鍵，可以1.1.2之方法，將級數改為雙鍵。也可以直接在單鍵上左鍵點 擊，即可變為雙鍵。
1.1.4 若選取自動加上氫原子，則1.1.3 之圖形變為此。
若想要消除原子或鍵，只要在上面按右鍵即可。(千萬不要按delete，會全部不見。)
(2) 轉換顯示
若是不喜歡棍棒圖形，也可以轉換成不同的圖形，甚至力，氫鍵等均可顯示。
1.2.1 按下顯示設定，左下角出現框框即可操作。本範例以凡得瓦球形進行示範。點選
框內的凡德瓦球型，即可。
1.2.2 在許多顯示設定後面均有設定，可調整細部，符合需求。
2. 細節操作：
(1)檢視所作之圖：想翻轉，移動，或縮放圖的時候，先點選導覽工具，即可。
2.1.1 滑鼠左鍵：旋轉分子
2.1.2 滑鼠右鍵：移動分子
2.1.3 滑鼠滾輪：縮放分子
(2) 剛剛是對整個圖進行翻轉，若是想改變單個原子，請點選調整工具。
左鍵：拖曳可移動原子(上圖示範，2.2.1)
右鍵：旋轉原子
滾輪：可使原子遠離或靠近觀察者
(3) 自動校正：若是覺得自己畫的圖太醜，此軟體可以幫忙校正，例如 2.2.1 的圖根本不可
能存在，按了最佳化幾何結構後，即可出現較為真實的圖 (電腦不只會選土豆!!)。
將其 SMILES 碼 CC(CC1=CC=CC=C1)N 複製後，進入到軟體畫面。
若想要消除原子或鍵，只要在上面按右鍵即可。(千萬不要按delete，會全部不見。)
(2) 轉換顯示
若是不喜歡棍棒圖形，也可以轉換成不同的圖形，甚至力，氫鍵等均可顯示。
1.2.1 按下顯示設定，左下角出現框框即可操作。本範例以凡得瓦球形進行示範。點選
框內的凡德瓦球型，即可。
1.2.2 在許多顯示設定後面均有設定，可調整細部，符合需求。
2. 細節操作：
(1)檢視所作之圖：想翻轉，移動，或縮放圖的時候，先點選導覽工具，即可。
2.1.1 滑鼠左鍵：旋轉分子
2.1.2 滑鼠右鍵：移動分子
2.1.3 滑鼠滾輪：縮放分子
(2) 剛剛是對整個圖進行翻轉，若是想改變單個原子，請點選調整工具。
2.2.1
右鍵：旋轉原子
滾輪：可使原子遠離或靠近觀察者
(3) 自動校正：若是覺得自己畫的圖太醜，此軟體可以幫忙校正，例如 2.2.1 的圖根本不可
能存在，按了最佳化幾何結構後，即可出現較為真實的圖 (電腦不只會選土豆!!)。
2.3.1
2.3.1 按下延伸功能，選取最佳化幾何結構。
3. 其餘功能
(1) 如果我們要畫複雜的結構，自己慢慢話就畫到天荒地老了，例如 Dextroamphetamine，
安非他命，聰明的電腦和化學家已經克服了此麻煩，當我們去查化學資料時，化合物
的資料通常都會有 SMILES ，此資料為電腦讀的化學式!例如從維基百科可以查到
| Chemical data | |
|---|---|
| Formula | C9H13N |
| Mol. mass | 135.20622 |
3.1.1 點選建立，插入，SMILES 文字化學式，將上述 SMILES 碼 CC(CC1=CC=CC=C1)N 貼
上後，即可得圖。
補充：推薦一個可以查化學結構的好網站，chemical structure.
上後，即可得圖。
補充：推薦一個可以查化學結構的好網站，chemical structure.
基本介紹介紹到這邊，如果有需要會再慢慢補充。
Ref:
2. 感謝開南大學江易原教授介紹與提供1.0.3中文版本。
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