Avogadro 軟體介紹

安非他命結構怎麼畫?只要三秒!!!


     在學習化學上,常會遇到許許多多的結構。如果是簡單的結構,可以簡單的畫出來,但是如果遇到較複雜的結構,或者當結構需要翻轉時,則非常棘手。Avogadro (別懷疑,正是亞佛加厥的英文名 )可以呈現化學結構的立體圖,以利於了解化學結構。



Avogadro
官網:http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
載點:http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro
(2013/11/28/官網掛了,不知何時回復。)
在win 7,  avogadro  1.1.0版沒中文版

只有 avogadro-1.0.3 板本可顯示中文版  (win7, 8皆可)



本文以中文版進行示範

1. 將檔案開啟後,先建立基本條件。

     (1)工具設定
    按下工具設定後會出現左下角的框框,可以選擇元素種類,全部的原子皆有,且以
  不同顏色表示。鍵的級數,包含單鍵、雙鍵、三鍵。以及自動加上氫原子,此功能在製  作有機化合物非常好用。
  示範:
  1.1.1  先在元素種類選需要的原子(本示範以碳為例),點擊一下,即可出現一顆碳原子。
        1.1.2  在鍵的級數選需要的級數 (本示範為單鍵),點擊後拖曳至另一邊,即可得到。
        1.1.3  若想得到雙鍵,可以1.1.2之方法,將級數改為雙鍵。也可以直接在單鍵上左鍵點                       擊,即可變為雙鍵。
        1.1.4  若選取自動加上氫原子,則1.1.3 之圖形變為此。
                若想要消除原子或鍵,只要在上面按右鍵即可。(千萬不要按delete,會全部不見。)
      (2) 轉換顯示
    若是不喜歡棍棒圖形,也可以轉換成不同的圖形,甚至力,氫鍵等均可顯示。

  1.2.1 按下顯示設定,左下角出現框框即可操作。本範例以凡得瓦球形進行示範。點選
    框內的凡德瓦球型,即可。
        1.2.2 在許多顯示設定後面均有設定,可調整細部,符合需求。


2. 細節操作:
 (1)檢視所作之圖:想翻轉,移動,或縮放圖的時候,先點選導覽工具,即可。


     2.1.1 滑鼠左鍵:旋轉分子
  2.1.2 滑鼠右鍵:移動分子
  2.1.3 滑鼠滾輪:縮放分子
    (2) 剛剛是對整個圖進行翻轉,若是想改變單個原子,請點選調整工具
2.2.1
       左鍵:拖曳可移動原子(上圖示範,2.2.1)
    右鍵:旋轉原子
       滾輪:可使原子遠離或靠近觀察者
    (3) 自動校正:若是覺得自己畫的圖太醜,此軟體可以幫忙校正,例如 2.2.1 的圖根本不可
         能存在,按了最佳化幾何結構後,即可出現較為真實的圖 (電腦不只會選土豆!!)。
2.3.1
    2.3.1 按下延伸功能,選取最佳化幾何結構

3. 其餘功能
     (1) 如果我們要畫複雜的結構,自己慢慢話就畫到天荒地老了,例如 Dextroamphetamine,
             安非他命,聰明的電腦和化學家已經克服了此麻煩,當我們去查化學資料時,化合物
   的資料通常都會有 SMILES ,此資料為電腦讀的化學式!例如從維基百科可以查到
Chemical data
FormulaC9H13N 
Mol. mass135.20622
將其 SMILES 碼  CC(CC1=CC=CC=C1)N 複製後,進入到軟體畫面。


3.1.1 點選建立插入SMILES 文字化學式,將上述 SMILES 碼 CC(CC1=CC=CC=C1)N 貼
           上後,即可得圖。
補充:推薦一個可以查化學結構的好網站,chemical structure.

基本介紹介紹到這邊,如果有需要會再慢慢補充。


Ref: 
2. 感謝開南大學江易原教授介紹與提供1.0.3中文版本。



     


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